2  Sởi năm 2024

2.1 Lựa chọn Serial interval

Note

Để ước tính được Rt thì cần phải xác định được Serial interval của Sởi, tuy nhiên trong báo cáo này thì nhóm nghiên cứu không tính được Serial interval từ bộ dữ liệu (vì không có đủ dữ liệu về tình trạng lây nhiễm giữa những ca bệnh). Do đó, nhóm nghiên cứu tham khảo y văn và chọn được Serial interval có trung bình là 14,5 ngày và độ lệch chuẩn là 3,25 ngày (Worden et al., 2020). Nhóm nghiên cứu sẽ dùng giá trị này để ước tính Rt cho năm 2024 và năm 2019 để xem diễn tiến của Sởi.

2.2 Phân tích hệ số lây nhiễm Rt

Note
  • Dữ liệu được sử dụng để ước tính Rt là dữ liệu ca bệnh theo ngày. Dữ liệu đã loại bỏ những ca bệnh được chẩn đoán là “Loại trừ Sởi” và chỉ chọn những ca bệnh được chẩn đoán là “Sởi xác định” và “Sởi nghi lâm sàng” để ước tính.

  • Báo cáo sử dụng Ngày khởi phát để ước tính Rt cho năm 2024 và Ngày nhập viện để ước tính Rt cho năm 2019 (vì không có dữ liệu về ngày khởi phát).

  • Năm 2024, dữ liệu phân tích từ ngày 04/03/2024 đến ngày 23/09/2024 có tổng cộng 172 ca bệnh bị thiếu dữ liệu về ngày khởi phát, do đó báo cáo sử dụng ngày nhập viện thay thế để ước tính Rt.

  • Báo cáo trình bày kết quả theo thời gian thực về số ca mắc mới, đường trung bình động 14 ngày (Moving Average), hệ số lây nhiễm theo thời gian (Rt) và sử dụng Rt để đánh giá số ca nhiễm trên thực tế.

  • Từ 13/05, số ca bệnh bắt đầu xuất hiện mỗi tuần và bắt đầu liên tục từ ngày 30/05/2024. Từ ngày 13/05 thì số ca bệnh đã vượt qua khỏi đường Moving Average và đến khoảng 16/09 thì số ca mới bắt đầu giảm dưới ngưỡng này.
  • Khi ước tính Rt từ 04/03/2024 thì có thể là quá sớm vì các ca bệnh xuất hiện lẻ tẻ từ 04/03/2024 đến khoảng 30/05/2024. Số ca bệnh bắt đầu xuất hiện liên tục từ 30/05/2024 nên sẽ ước tính Rt từ ngày này.

  • Để quan sát được rõ hơn diễn tiến dịch trong 2 tháng gần nhất, hình sẽ được phóng to từ ngày 12/07 đến 14/09:
Figure 2.1

Lúc số ca bắt đầu liên tục thì Rt rất cao và đến tháng 10/07/2024 thì Rt giảm gần bằng 1. Tuy nhiên, đến khoảng 22/07/2024 thì Rt tăng trở lại và kéo dài đến gần giữa tháng 09/2024 mới giảm gần bằng 1.

Sử dụng bảng phân độ Rt của USCDC, giai đoạn Rt của Sởi năm 2024 diễn ra như sau (CDC, 2024):

  • Từ 10/06 - 08/07: số ca nhiễm đang tăng, trong khoảng thời gian này có khoảng 2 ngày thì số ca nhiễm trong giai đoạn ổn định (nhưng không đáng kể vì sau đó số ca nhiễm lại tăng).

  • Từ 10/07 - 21/07: số ca nhiễm ổn định, và khoảng ngày 19/07 thì Rt chuyển sang màu đỏ nghĩa là số ca nhiễm có thể tăng.

  • Từ ngày 22/07 - 09/09: số ca nhiễm đang tăng (Rt = 1.1, KTC: 0.94 - 1.28 vào ngày 09/09 có thể thấy KTC trên của Rt còn trên 1 do đó số ca bệnh có thể tăng).

  • Từ ngày 10/09 - 13/09: số ca nhiễm có thể tăng (màu đỏ).

  • Từ ngày 17/09 - 21/09: số ca nhiễm đang giảm (màu xanh) tương đồng với số ca thực tế đang diễn tiến dưới đường Moving Average từ ngày 16/09.

Dates Estimatr Rt Q1 Q3 Propability
2024-09-21 0.8554027 0.7209506 1.0011805 0.0258820
2024-09-20 0.8707341 0.7352250 1.0175352 0.0409932
2024-09-19 0.8529160 0.7188548 0.9982701 0.0237508
2024-09-18 0.8444614 0.7108319 0.9894302 0.0181615
2024-09-17 0.8878120 0.7500957 1.0369633 0.0669173
2024-09-16 0.9842248 0.8380651 1.1419597 0.4096149
2024-09-15 1.0299209 0.8792032 1.1923865 0.6376008
2024-09-14 1.0468936 0.8936921 1.2120365 0.7122585
2024-09-13 1.0714325 0.9150913 1.2399218 0.8038769
2024-09-12 1.0580939 0.9014304 1.2271244 0.7535545
2024-09-11 1.0649302 0.9063122 1.2361507 0.7766707
2024-09-10 1.1068070 0.9434141 1.2830571 0.8939341
2024-09-09 1.1367695 0.9694451 1.3172185 0.9430607
2024-09-08 1.1525309 0.9823879 1.3360621 0.9594317
2024-09-07 1.2448787 1.0662819 1.4371009 0.9970543
2024-09-06 1.2697291 1.0880709 1.4652049 0.9986666
2024-09-05 1.3051183 1.1199246 1.5042741 0.9996197
2024-09-04 1.3007207 1.1151403 1.5003751 0.9995275
2024-09-03 1.2882695 1.1029322 1.4877890 0.9992153
2024-09-02 1.2176044 1.0367872 1.4127413 0.9916250
2024-09-01 1.2188982 1.0368005 1.4155112 0.9915635
2024-08-31 1.2493753 1.0632848 1.4502511 0.9964133
2024-08-30 1.2787141 1.0882536 1.4843069 0.9984648
2024-08-29 1.3302924 1.1333266 1.5428066 0.9997101
2024-08-28 1.3454132 1.1444147 1.5624335 0.9997984
2024-08-27 1.2761017 1.0775067 1.4912455 0.9974673
2024-08-26 1.3130000 1.1079896 1.5351552 0.9990598
2024-08-25 1.3003569 1.0924592 1.5260951 0.9982887
2024-08-24 1.3220312 1.1076772 1.5550642 0.9988880
2024-08-23 1.3839384 1.1587427 1.6288347 0.9997885
2024-08-22 1.4813816 1.2411905 1.7425031 0.9999888
2024-08-21 1.6065569 1.3479067 1.8875725 0.9999998
2024-08-20 1.7718541 1.4905162 2.0771541 1.0000000
2024-08-19 1.9492430 1.6438808 2.2802344 1.0000000
2024-08-18 1.9850077 1.6676497 2.3295994 1.0000000
2024-08-17 1.9963816 1.6703560 2.3510412 1.0000000
2024-08-16 1.9627275 1.6337571 2.3214248 1.0000000
2024-08-15 1.9649314 1.6317568 2.3285977 1.0000000
2024-08-14 1.9483944 1.6140832 2.3137024 1.0000000
2024-08-13 2.0049864 1.6636846 2.3776585 1.0000000
2024-08-12 1.9116457 1.5768719 2.2781646 1.0000000
2024-08-11 1.9919410 1.6473895 2.3687235 1.0000000
2024-08-10 1.9108847 1.5705148 2.2841402 1.0000000
2024-08-09 1.8354612 1.4981629 2.2064924 1.0000000
2024-08-08 1.7450960 1.4118869 2.1130761 0.9999996
2024-08-07 1.6925815 1.3592819 2.0618773 0.9999970
2024-08-06 1.5221514 1.2012581 1.8804566 0.9996708
2024-08-05 1.4232918 1.1074060 1.7782114 0.9968137
2024-08-04 1.3822251 1.0644818 1.7408341 0.9921181
2024-08-03 1.3827277 1.0576771 1.7506668 0.9908027
2024-08-02 1.4289264 1.0904214 1.8124907 0.9948463
2024-08-01 1.5002806 1.1448722 1.9029985 0.9981280
2024-07-31 1.6494960 1.2675180 2.0810147 0.9998546
2024-07-30 1.8000632 1.3921688 2.2595658 0.9999917
2024-07-29 1.8321180 1.4139900 2.3035803 0.9999944
2024-07-28 1.7012067 1.2950374 2.1619295 0.9998941
2024-07-27 1.6914774 1.2844097 2.1537206 0.9998612
2024-07-26 1.7503088 1.3356700 2.2201413 0.9999561
2024-07-25 1.7051324 1.2980258 2.1669184 0.9999002
2024-07-24 1.5628260 1.1773344 2.0020735 0.9988001
2024-07-23 1.4451327 1.0792942 1.8635426 0.9929394
2024-07-22 1.3829162 1.0296719 1.7874535 0.9841714
2024-07-21 1.2716599 0.9376217 1.6558082 0.9396511
2024-07-20 1.1973802 0.8766328 1.5673588 0.8720748
2024-07-19 1.1360078 0.8254250 1.4954179 0.7815600
2024-07-18 1.0624321 0.7624196 1.4114449 0.6298877
2024-07-17 1.0267608 0.7301273 1.3731733 0.5440635
2024-07-16 0.9192291 0.6365929 1.2529706 0.2894908
2024-07-15 0.8673894 0.5893490 1.1983087 0.1920042
2024-07-14 1.0463981 0.7328844 1.4148619 0.5848366
2024-07-13 1.0863130 0.7608403 1.4688318 0.6678586
2024-07-12 1.0291455 0.7084164 1.4088207 0.5422258
2024-07-11 1.0247836 0.7009512 1.4091423 0.5314187
2024-07-10 1.0137158 0.6887707 1.4004603 0.5062606
2024-07-09 1.1656958 0.8119499 1.5824018 0.7959854
2024-07-08 1.3243248 0.9417244 1.7711306 0.9475154
2024-07-07 1.4237618 1.0217160 1.8914726 0.9813746
2024-07-06 1.4948245 1.0773380 1.9796149 0.9915482
2024-07-05 1.5671345 1.1341430 2.0690475 0.9964094
2024-07-04 1.5973473 1.1560082 2.1089368 0.9974158
2024-07-03 1.5791076 1.1380818 2.0912321 0.9965149
2024-07-02 1.5490903 1.1116540 2.0579721 0.9947404
2024-07-01 1.4736674 1.0479216 1.9708589 0.9867784
2024-06-30 1.2085188 0.8266260 1.6617899 0.8361463
2024-06-29 1.0995479 0.7363845 1.5343544 0.6702714
2024-06-28 1.1143724 0.7463127 1.5550412 0.6950916
2024-06-27 1.3418515 0.9292712 1.8290332 0.9424873
2024-06-26 1.4405630 1.0034049 1.9555269 0.9760262
2024-06-25 1.3944655 0.9538134 1.9174783 0.9574438
2024-06-24 1.4954698 1.0229002 2.0563656 0.9809036
2024-06-23 1.5176277 1.0239371 2.1069144 0.9809406
2024-06-22 1.5422473 1.0248121 2.1637500 0.9809198
2024-06-21 1.6256121 1.0712886 2.2936799 0.9883737
2024-06-20 1.7193623 1.1231445 2.4404980 0.9931830
2024-06-19 1.8320200 1.1855867 2.6168645 0.9963238
2024-06-18 2.1445391 1.4008841 3.0440027 0.9996422
2024-06-17 2.4718480 1.6146932 3.5085916 0.9999597
2024-06-16 3.2821600 2.1981141 4.5800615 0.9999999
2024-06-15 4.3508564 2.9561958 6.0107593 1.0000000
2024-06-14 5.6690111 3.8518180 7.8318056 1.0000000
2024-06-13 7.0698366 4.6978551 9.9188753 1.0000000

2.3 Phân bố nhóm tuổi theo tuần

Figure 2.2
  • Về nhóm tuổi, lúc số ca bắt đầu xuất hiện liên tục thì nhóm dưới 9 tháng và nhóm từ 9 đến 18 tháng chiếm đa số. Tuy nhiên, khoảng 1 tháng sau thì bệnh xuất hiện nhiều hơn ở nhóm 18 tháng đến 5 tuổi, và từ tháng 08/2024 thì nhóm > 10 tuổi nhiễm bệnh khá nhiều.

2.4 Thời gian cửa sổ (Sliding window)

Chúng ta có thể tùy chọn Sliding window (SW) khác nhau để thể hiện kết quả ước tính Rt. Sliding window là khoảng thời gian chúng ta dùng để xác định Rt, ví dụ nếu chúng ta chọn SW = 7 thì giá trị Rt sẽ được tính bằng trung bình của 7 ngày. Chúng ta vẽ thử 4 trường hợp của SW lần lượt là: mỗi ngày, mỗi tuần, mỗi 2 tuần và mỗi tháng để lựa chọn.

SW = 14 đồng nghĩa với sliding window là 14 ngày (2 tuần) cho thấy Rt có độ ổn định hơn, nên sẽ sử dụng SW = 14 để ước tính Rt.